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复方是中医的主要用药形式，但由于中药复方作用的复杂性，至今还没有一种有效的方法能阐明复方中药的作用机制。近十余年分子生物学技术的飞速发展，特别是近年高通量基因芯片的发展，能同时检测大量信息，为中药研究提供新的研究思路和方法。笔者以实验的方法，探讨了基因芯片技术在中药药理研究中应用的可能性和目前的局限性。实验以黄连解毒汤及其有效成分黄芩甙和盐酸小檗碱胃饲LPS(外源性脂多糖)造型的Balb/c小鼠，采用上海联合基因公司小鼠基因表达芯谱片(2048个基因)，检测中药对小鼠脾细胞基因表达的影响。实验结果表明，小鼠腹腔注射LPS后，123个基因出现表达改变(升高或降低)，使用黄连解毒汤、黄芩甙或盐酸小檗碱均能使这种由LPS引起的表达差异减小，以复方黄连解毒汤作用最为明显。可以说明，基因芯片技术从另一个角度证实了中药复方作用优于单个成分。如果采用更多的单味药或单体进行研究，会更具说服力。从实验中还发现，基因芯片在中药药理研究中，还有一定的局限性。首先，基因芯片的高通量是其优势，但同时也给如何分析这些过多的信息量造成了困难。这些困难一方面是由于缺少有效的分析技术和手段造成的，故急需发展医学生物信息学，以提高高通量信息的分析能力。另一方面，由于基因表达与调控研究的滞后，造成各基因表达之间的关系没有明确，所以，导致如何解释这些基因同时变化的意义出现相当大的难度。如果再加上一些表达发生变化的基因本身的功能不清，会使困难进一步加大。其次，基因表达不能完全代表其产物的功能，即基因表达正常，其表达产物不一定能发挥正常功能。又加上基因表达具有组织差异性、较强的时相性等，也会给实验结果的解释带来困难。因此，笔者认为，既要充分利用现代分子生物学技术的最新成果，又要适当分析利用这些技术所得到的研究结果，只有这样，才能促进新的分子生物学技术在中药研究中的应用。
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