禽流感病毒具有多形性，流感病毒的多型性是一种遗传特性，在病毒遗传学研究中可以作为一种遗传标志。从家禽分离的流感病毒，有些毒株主要为球形，而有些毒株为多形性，并且大小差异很大。典型的A型流感病毒粒子呈球型，直径为80nm—120nm，平均为100nm左右。某些毒株，特别是在初分离时常呈丝状，丝状体长短不一，有的可长达数微米，有人曾观察到长度为4um的丝状流感病毒。但是不管长丝状还是球状，其直径都相似，均为100nm左右。病毒粒子表面有10nm—l2nm的密集纤突覆盖，两种不同形状的表面纤突(spikes)分别是HA和NA ，HA为三聚体棒状结构，NA为四聚体蘑菇状结构，HA和NA在囊膜上的比例为4~5:1，有学者将病毒的M2蛋白作为第三种突起，它们均以疏水性氨基酸嵌合在脂质体囊膜内。A型流感病毒是有囊膜的病毒。囊膜为双层类脂质膜，它来自宿主细胞。囊膜的表面覆盖着许多长10—14nm的纤突.主要是病毒的表面糖蛋白HA和NA。每个病毒粒子上大约有500个纤突，其中375-400个呈棒状的是HA，它们均匀地分布在囊膜上。其余的呈蘑菇状的纤突是NA。 HA的功能是使病毒结合到宿主细胞表面并与之融合。NA主要是阻止病毒聚集，协助子代病毒粒子从感染细胞中的释放这两种糖蛋白也是引起宿主体液免疫反应的主要抗原。NA的变异程度以及NA抗体的免疫能力都不及HA。
膜蛋白M1位于囊膜的内侧面，是流感病毒的主要结构蛋白。它与病毒基因组vRNP和核输出因子相连，在vRNP和病毒囊膜之间起着桥梁作用，并协助病毒的装配，此外囊膜上还有一种细而短的突起，称为膜蛋白M2，是一种四聚体M2在病毒内外形成一个质子通道，在HA合成和病毒脱壳过程中提供低PH值环境起着重要作用。PB2, PB1和PA基因编码的蛋白质形成一个多聚酶复合物，在转录中起作用，连接在每个基因节段的末端。非结构蛋白NS2或核输出蛋白（NEP）在未拼接的病毒RNA分子从宿主细胞核内到细胞质的输出中起着重要作用，它与M1相连。具有抑制干扰素作用的非结构蛋白NS1在感染的细胞中较丰富。但没有装配到病毒粒子的结构中。

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