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经中国疾病预防控制中心和广东省疾病预防控制中心的共同努力，引起广东省部分地区非典型肺炎的病原基本可确定为衣原体。据中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所报告，通过电镜观察发现两份死于本次肺炎病人的尸检肺标本上有典型的衣原体的包含体，肺细胞浆内衣原体颗粒十分典型。 衣原体是一种在真核细胞内寄生的原核微生物。某些衣原体曾经被归为病毒，可通过呼吸道分泌物、气溶胶，直接与病人接触，以及与病禽或鸟类接触而传播，临床表现为肺炎和支气管炎。 衣原体引起的肺炎采用针对性强的抗生素治疗非常有效，但必须是全程、足量的规范化治疗。同时对病人加强护理和休息。供给营养丰富、易于消化吸收的食物及充足水分。 该病是完全可以预防的。首先，按照呼吸道传染病的综合性防制对策来采取措施，如隔离病人，保持生活、工作环境空气流通，对室内空气进行消毒，少去人员拥挤的公共场所，与病人接触时严格注意个人防护，接触病人后要洗手，根据天气变化注意防寒保暖，增加户外活动，增强体质，保持个人和环境卫生。
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